Le passé glorieux nous hante en ce pays réfractaire à toute contrainte imposée de l'extérieur. Corte (Corti), citadelle génoise au cœur de la révolte, devint la capitale d'une Corse libérée par Pasquale Paoli. Au IXème siècle déjà, occupée par les Maures, elle avait été reconquise par le héros légendaire, Ugo Colonna.
Corté, protégée par ses gorges et ses montagnes a toujours joué un rôle militaire important. Au IXe siècle, c'etait déjà une place forte et les génois s'en emparèrent lors de l'occupation de l'île (XIIIe siècle).
En 1419, un seigneur féodal corse, Vincentello d'Istria, conquit la ville et fit construire la citadelle.
Plus tard, la Banque de Saint Georges, organisme militaire et financier émanant de Gênes, reçut Corté des mains des seigneurs de Campo Fregosso.
Lors de l'expédition française (1553), le Maréchal de Thermes envoie Sampiero Corso à la conquête de la ville. A Corté, Sampiero rallie la population, ainsi que la plupart des chefs corses, à la cause française.
Reprise par les Génois après la signature du Traité de Cateau-Cambrésis (1559), les Français s'en emparent a nouveau en 1734. Les nationaux ne l'occuperont qu'en 1745, lorsque Jean-Pierre Gaffori (nommé Général de la nation en 1751 à la Consulte d'Orezza) rendit l'indépendance à la ville.
Corté fut de 1755 à 1769 la capitale de la Corse indépendante, sous la direction de Pascal Paoli. Ce "despote éclairé", ami de Jean-Jacques Rousseau et James Boswell, réorganise son Etat et dote son pays d'une constitution démocratique établissant la séparation des pouvoirs et la souveraineté du peuple, il crée dans la capitale une université.
Toutefois, Gênes se maintient dans les places fortes qu'elle a fondé sur les côtes.
Paoli refuse de traiter avec Gênes, cette république se tourne alors vers la France.
Feignant de jouer les arbitres entre la République et les Corses, Choiseul, ministre de Louis XV, oblige en fait Gênes à lui céder l'île moyennant un arrangement financier lors du traité de Versailles en 1768. Cette vente déguisée, fait contre elle, le rassemblement des Corses , et le 22 Mai, à la Consulte de Corté, Paoli proclame la levée générale.
Suite à la défaite de Ponte Novu (9 Mai 1769), Paoli se replie sur Corté et malgré les dernières tentatives de résistance, la ville tombe aux mains des Français. 
La citadelle de Corte est la seule construite à l'intérieur des terres. Le piton était déjà fortifié au IXe siècle, mais c'est en 1419 que Vincentello d'lstria, Vice-roi de Corse pour le Roi d'Aragon s'en rendit maître et fit construire la citadelle actuelle, du moins la tour (Nid d'Aigle) qui à l'extrémité du rocher se dresse comme une énorme figure de proue.
On y accède par un escalier en marbre de la Restonica. Cette place forte sera ensuite occupée, par intermittence, par les seigneurs féodaux corses, les Génois et les Français.
L'enceinte de la Citadelle renfermait des maisons ainsi qu'une chapelle.
L'ensemble fut remanié sous Louis XV, puis sous Louis XVI, la grande caserne fut construite. Mais ce fut Louis Philippe qui lui donna son profil actuel, voulant en préciser les limites, il fit démolir les maisons comprises dans l'enceinte ainsi que la chapelle.
Les habitants expropriés occupèrent dans les "Lubiacce" l'immeuble des "100 propriétaires", construit à cette occasion. Les bâtiments militaires furent alors occupés par une partie des garnisons de la ville, puis convertis en prison centrale pour les détenus politiques.
Pendant la guerre 39-45, sous l'occupation italienne, des patriotes corses y furent incarcérés.
La citadelle fut occupée dès 1962 par la Légion Étrangère qui s'était repliée d'Algérie. Depuis 1983, année du départ de la Légion Étrangère, cet édifice appartient à la ville. On peut actuellement le visiter, du Nid d'Aigle, point culminant de la citadelle, on jouit d'une vue panoramique sur la ville et ses environs.